El Sistema Inmunológico tiene 2 principales funciones: 1) reconocer sustancias (también llamadas antígenos) extrañas al cuerpo y 2) reaccionar en contra de ellas. Estas sustancias (o antígenos) pueden ser micro-organismos que causan enfermedades infecciosas, órganos o tejidos transplantados de otro individuo, o hasta tumores en nuestro cuerpo. El adecuado funcionamiento del Sistema Inmunológico provee protección contra enfermedades infecciosas, es responsable de rechazar órganos transplantados, y puede proteger a una persona del cáncer.
Una de las funciones más importantes del Sistema Inmunológico es la protección contra enfermedades infecciosas.
El cuerpo está en constante reto por una gran variedad de micro-organismos infecciosos como bacterias, virus y hongos. Estos micro-organismos pueden provocar una variedad de infecciones, algunas relativamente comunes y normalmente no muy serias, y otras menos comunes y más serias.
 

 
Por ejemplo, una persona en promedio tiene algunas infecciones de "gripe" cada año provocadas por una gran variedad de virus respiratorios. Otros virus pueden provocar infecciones más serias en el hígado (hepatitis) o infecciones en el cerebro (encefalitis).
Las infecciones por bacterias más comunes son entre otras, "streptococo" en la garganta, infecciones de la piel (impetigo) e infecciones en el oído (otitis). En algunas ocasiones una infección por una bacteria puede ser muy seria como cuando afecta la cubierta del cerebro (meningitis) o cuando afecta los huesos (osteomelitis).